La contaminación orgánica por desechos cloacales u otros y el escurrimiento de fertilizantes químicos genera el crecimiento anormal de plantas acuáticas enraizadas y flotantes, tornando anóxicos espejos de agua y contaminados los mantos freáticos.
Con bioaumentación se puede contribuir a la acción de los microorganismos naturalemnte presentes que resultan insuficientes para digerir los factores contaminantes.